Подключаем репозиторий и устанавливаем пакет.

# wget -O YANDEX-DISK-KEY.GPG http://repo.yandex.ru/yandex-disk/YANDEX-DISK-KEY.GPG
# apt-key add YANDEX-DISK-KEY.GPG
# echo "deb http://repo.yandex.ru/yandex-disk/deb/ stable main" >> /etc/apt/sources.list.d/yandex-disk.list
# apt-get update
# apt-get install yandex-disk

Настройка достаточно простая и требуется авторизоваться чере web-интерфейс в требуемый аккаунт, подтердить доступ и указать расположение хранилища и режим запуска при входе в систему.

$ yandex-disk setup
Would you like to use a proxy server? [y/N]: 
Log in
If you don't have a Yandex account yet, get one at https://passport.yandex.com/passport?mode=register

Go to the page https://ya.ru/device and enter the code ‘zh4q342n’ within 300 seconds. Make sure you're logged in to the browser with the right account.Token saved to /home/chernousov/.config/yandex-disk/passwd
Configure Yandex.Disk
Enter path to Yandex.Disk folder (Leave empty to use default folder '/home/chernousov/Yandex.Disk'): 
Would you like Yandex.Disk to launch on startup? [Y/n]: 
Starting daemon process...Done

При подтверждении через web-интерфейс обязательно проверьте, что акааунт выбран нужного пользователя.